Jukajoki on monien tieteellisten tutkimusten kohteena. Esimerkiksi se on ollut laajan Suomen akatemian WAPEAT -hankkeen kohteena vuosina 2012-2016. Hankkeen kokonaisbudjetti on ollut noin 800,000 € ja sen avulla valuma-alueen luonnosta, kylistä, ongelmista ja historiasta on piirtynyt kokonaan uusi, tarkka kuva. Hanketta on vetänyt Itä-Suomen yliopisto. Tiedetuloksista voi kysyä OSK Lumimuutoksesta.
Jukajoki on haastava kohde myös tieteelle happamien maiden ja sulfidi -mustaliuskeiden takia. Toinen keskeinen elementti tieteelle on paikallisten kylien perinnetieto, joka on yhtä tärkeää muutosten seurannassa ja kunnostustyössä, kuin viimeinen tiede.
Tutkimusten tuloksena on julkaistu muun muassa (osa englanniksi)
- Malleja ilmastonmuutokseen mukautumiseen
- Paikallisen tiedon rooli luonnon monimuotoisuudessa
- Syyt ja seuraukset kalakuolemista 2010-2011
- Ympäristömuutosten tunnistaminen visuaalisten historioiden avulla
- Kerrotut historiat ja perinnetieto kunnostusten pohjana
- Luonnonvarat ja paikallinen tieto
- Linnunsuon kosteikon historiaa ja turvetuotantoa
- Kunnostussuunnitelma
- Linnunsuon kosteikko 2017
- Kissapuron tila
Tämän lisäksi Jukajoella vierailee ulkomaisia huippututkijoita. Samoin kansainvälisiä tutkimuksia toteutetaan alueella. Amerikkalaiset tutkijat ovat perustaneet Jukajoelle englanninkieliset tapaustutkimussivut.
Karelia -ammattikorkeakoulu seuraa valuma-alueen tilaa viikottain. Se raportoi kyläyhdistyksellä ja takaa luotettavan, neutraalin ekologisen seurannan koko valuma-alueella.